Parece que he dado con el problema, pero no con la solución.
La cosa es que cuando cierro el Gooogle Earth, se me queda pillado el proceso "googleearth.exe" funcionando durante unos minutos, aunque el programa aparentemente parece haber terminado de cerrarse.
Si durante este tiempo apago el ordenador, es cuando se pierden los cambios que haya hecho en "mis lugares"
De momento la única solución que se me ocurre es esperar a que este proceso termine antes de apagar el ordenador.
No sé si es problema mio, o propio del G.E. a ver si en una futura actualización se corrige.
Saludos.